Offre alta qualità e flessibilità di rendering ed è strutturato su una potente architettura che sfrutta il concetto dei plugin tra cui strumenti interattivi, comandi e script Python.
Libero e Open Source, Avogadro è facile da installare e tutto il codice sorgente è disponibile sotto la licenza GNU GPL.
Disponibile in più lingue, (inglese, cinese, francese, tedesco, italiano, russo, spagnolo), è intuitivo perchè la sua interfaccia è stata studiata per essere utilizzata da ricercatori, insegnanti, studenti,...
Supporta multi-threaded di rendering e di calcolo e, tra le caratteristiche che lo rendono molto flessibile, importa i file di Open Babel.
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